Das Präsidium von Eintracht Frankfurt setzt sich zusammen aus dem Vereinspräsidenten und derzeit vier Vizepräsidenten. Der Präsident wird von der Mitgliederversammlung auf Vorschlag des Verwaltungsrates und des Wahlausschusses für eine Legislaturperiode von drei Jahren gewählt. Auf Vorschlag des Präsidenten werden die übrigen Präsidiumsmitglieder für den gleichen Zeitraum bestellt, während die Ämter aller anderen Vereinsgremien für die Dauer von vier Jahren vergeben werden.
Das Gremium ist berechtigt und verpflichtet, alle Maßnahmen zu ergreifen, die für eine ordnungsgemäße Vereinsführung erforderlich sind. Das Präsidium hat per Geschäftsordnung folgende Zuständigkeiten festgelegt: Präsident Peter Fischer repräsentiert das Präsidium und den Verein gegenüber der Öffentlichkeit, insbesondere im Verkehr mit Behörden, Verbänden, Wirtschaftsorganisationen und Medien. Er zeichnet verantwortlich für die Bereiche Marketing und Öffentlichkeitsarbeit. Für den Finanzbereich zeichnet Vizepräsident Fred Moske als Schatzmeister des Vereins verantwortlich. Vizepräsident Dieter Burkert verantwortet den Amateur- und Jugendbereich, Klaus Lötzbeier, ebenfalls Vizepräsident, ist für den Fußballbereich zuständig. Neben der Fußballabteilung und dem Leistungszentrum umfasst sein Arbeitsgebiet auch die Fan- und Förderabteilung. Als geschäftsführendes Präsidiumsmitglied zeichnet Axel Hellmann für juristische Angelegenheiten verantwortlich.